En este juego tomamos el papel de un adolescente que vive con toda su familia en un Centro Pokémon, junto con mucha otra gente. Habrá muchos sucesos extraños que resolver y grandes aventuras por vivir.
Al igual que en la anterior entrega (Pokémon Colosseum), existen los llamados "Pokémon Oscuros" que son unos Pokémon malvados, a los que tendremos que purificar. Los Pokémon Oscuros los tienen los entrenadores (ya que en este juego no existen los Pokémon Salvajes), y habrá que arrebatárselos con "Cepo Balls", unas PokeBall creadas para poder arrebatar a éstos. Para saber si un Pokémon es oscuro, dispondremos de un escaner para identificar el "aura" que los rodea y así saber si han formado parte de algún experimento.

A los Pokémon Oscuros los han manipulado para hacer que sus poderes sean extraordinarios. Cuando se atrape a un Pokémon Oscuro lo llevaremos en nuestro equipo con el fin de purificarlo. Para poder purificarlo, hay que bajarle una barra de color violeta que tiene bajo sus PS ya que mientras esa barra no sea eliminada por completo, éste no subirá de nivel y solo aprenderá ataques a medida que la barra violeta vaya desapareciendo. Los Pokémon oscuros tienen un estado denominado "Hiper Estado", en el cual se quedan paralizados y los tendrás que llamar para que en el siguiente turno puedan atacar, aunque si un Pokémon Oscuro está en ese estado y utilizas un ataque que solo los Pokémon Oscuros tengan, se duplicará la potencia del movimiento.

La finalidad del juego es conseguir atrapar a todos los Pokémon Oscuros y purificarlos. En el juego participará nuestra familia, los profesores que llevaron a cabo el experimento, y mas personajes que encontraremos a lo largo de la aventura. La historia gira en torno a un Pokémon, Lugia, el cual antes de purificar se llama: "Lugia Oscuro".

Gráficamente el juego es muy parecido a Colosseum, aunque se ha mejorado un poco y los ataques lucen mejores gráficos.

Este juego, aparte de modo historia también dispone de modo batalla, en donde podrás realizar muchos combates con Pokémon elegidos al azar, o directamente con los tuyos transferidos de tu GameBoy Advance.