Pokemon Esmeralda es un juego con una historia casi identica a las versiones anteriores, Rubí & Zafiro, pero en Esmeralda se incluyen nuevas características. A continuación un listado con todas las nuevas caracteristicas del juego:

-Una de las grandes novedades, es el legendario principal, que está vez será Rayquaza, y la historia gira en torno a él.

-A diferencia que en Rubi & Zafiro que solo podías conseguir a Groudon o a Kyogre respectivamente, ahora podrás hacerte con los dos, pero de una manera más complicada.

-La aventura seguirá desarrollándose en Hoenn, pero eso sí, estará un poco cambiado, incluyendo edificios nuevos.

-Ahora tendrás que combatir con los dos equipos de malos: "Team Aqua" y "Team Magma".

-Los personajes principales, Aura y Bruno, tendrán una nueva vestimenta relacionada con el nombre del juego (Esmeralda), puesto que esta vestimenta será de color verde.

-Cuando un Pokémon entra en batalla, éste se moverá, dando lugar así a una animación.

-Algunos entrenadores se podrán unir contigo a combates.
-Habrá una nueva zona, el "Frente de Batalla".

-En el juego se podrá conseguir a una nueva forma de Deoxys: la forma "Velocidad".

El frente de Batalla es un lugar compuesto por siete edificios en los que podrás luchar hasta ganar los simbolos correspondientes. Estos siete edificios son: Cúpula de Batalla, Sierpe Batalla, Fábrica Batalla, Dojo Batalla, Palacio Batalla, Pirámide Batalla y Torre Batalla.

·Cúpula Batalla: En este edificio, la modalidad de juego será a eliminatorias y por rondas. Todo comienza con 16 participantes, hasta que quedan dos, que son los mejores y se enfrentan, hasta que el que gana, se hará con la victoria. Podrás utilizar 3 Pokémon.
·Sierpe Batalla: Este edificio tiene forma de Seviper, y aquí debes elegir caminos. En esos caminos te puedes encontrar con que te curen, te dejen a tu Pokémon con problemas de estado, o un combate Pokémon, ya que todo sucede al azar.
·Fábrica Batalla: Cuando comienzas aquí un combate, te prestan 6 Pokémon, de los cuales solo puedes escoger 3.
·Dojo Batalla: Las batallas duran solamente 3 turnos, y los jueces calificarán la actuación del pokemon en combate para así hacerse con la victoria.
·Palacio Batalla: Hay que superar una serie de combates, sin saber que ataque utilizará nuestro Pokémon, ya que depende de la naturaleza y el estado.
·Pirámide Batalla: Es un laberinto que hay que superar con un sólo Pokémon, hasta llegar a la cima. Antes de llegar a la cima te encontrarás con entrenadores y objetos.
·Torre Batalla: Es un edificio en el que tendrás que ir superando sucesivos combates.